Už päť rokov pred Slovenskom, 12. marca 1999, vstúpili do NATO Česká
republika, Maďarsko a Poľsko. O ich prijatí rozhodol summit NATO v
Madride (8. a 9. júla 1997), Slovensko však na ňom pozvánku do Aliancie
nedostalo.
Po rozdelení Česko-Slovenskej Federatívnej Republiky 1. januára 1993
vstúpila SR do Severoatlantickej rady pre spoluprácu (NACC). V ďalšom
roku pristúpila k programu Partnerstvo za mier (PfP). Vláda Vladimíra
Mečiara (1994-1998) sa však stala terčom kritiky zahraničných partnerov
najmä pre nedemokratické praktiky a pre kauzy ako únos prezidentovho
syna Michala Kováča mladšieho, smrť Róberta Remiáša, či zbavenie mandátu
poslanca Františka Gauliedera, ktorý vystúpil z klubu Mečiarovho Hnutia
za demokratické Slovensko.
Vstupu do NATO sa týkalo referendum, ktoré sa konalo 23. a 24. mája
1997. Stalo sa známym tiež ako "zmarené referendum". Tri otázky
referenda navrhla Mečiarova vláda: 1. Ste za vstup SR do NATO? 2. Ste za
rozmiestnenie jadrových zbraní na území SR? 3. Ste za rozmiestnenie
vojenských základní na území SR?
Prezident SR Michal Kováč rozhodol o spojení referenda so štvrtou
otázkou na základe petičnej akcie s podporou 521.000 podpisov: 4.
Súhlasíte, aby prezidenta SR volili občania SR podľa priloženého návrhu
ústavného zákona priamo? Na pokyn ministra vnútra Gustáva Krajčiho však
boli vytlačené lístky iba s tromi otázkami a účasť na referende dosiahla
9,53 percenta, takže bolo neplatné.
Následne 8. a 9. júla 1997 summit NATO v Madride rozhodol, že na
konzultácie o rozširovaní Aliancie budú v prvej vlne prizvané krajiny
Poľsko, Maďarsko a Česká republika. Slovenská republika pozvánku
nedostala. "Nijaká demokratická krajina, ktorá splní ciele zmluvy nebude
vylúčená z procesu zvažovania," uviedol v tom čase generálny tajomník
Aliancie Javier Solana. Konkrétne Slovensko však na summite spomenuté
nebolo.
Vláda SR reagovala vyhlásením, podľa ktorého "plnoprávne členstvo v NATO zostáva prioritou zahraničnopolitickej orientácie SR".
Prezident Michal Kováč označil nepozvanie Slovenska za prehru celej
krajiny a zároveň odmietnutie politiky súčasnej vládnej koalície. "Vinu
na tom má nedostatočné uplatňovanie demokratických princípov pri
spravovaní verejných záležitostí na Slovensku," vyjadril sa Kováč pre
rakúsky denník Die Presse.
Na deficit demokracie v krajine upozornil aj vtedajší veľvyslanec USA v
SR Ralph Johnson. "Znepokojuje nás nedostatok tolerancie v SR, ak ľudia
prejavia nesúhlas s vládnou politikou sú označovaní za
protivlasteneckých a protislovenských," povedal Johnson. Upozornil tiež
na spolitizovanie štátnej správy či chýbajúci zákon o používaní jazykov
národnostných menšín.
"Nevidím nič, čo by vážne nasvedčovalo tomu, že sa seriózne pokračuje
vo vyšetrovaní udalostí s jednoznačne politickým pozadím ako je únos
syna prezidenta SR Michala Kováča, vražda Róberta Remiáša a výbuch pred
domom Františka Gauliedera," uviedol ďalej vo svojom prejave o
americko-slovenských vzťahoch. Zároveň dodal, že USA majú záujem na tom,
aby Slovensko bolo členom Aliancie a naďalej sú ochotné v tomto smere
Slovensku pomáhať.
Po parlamentných voľbách, ktoré sa konali 25. a 26. septembra 1998
nastúpila 30. októbra vláda premiéra Mikuláša Dzurindu. Ten navštívil 5.
novembra toho istého roka sídlo NATO v Bruseli. Na stretnutí informoval
generálneho tajomníka NATO Javiera Solanu, že jeho vláda je odhodlaná
začať nové rokovania o vstupe SR do NATO.
Predseda slovenskej vlády Mikuláš Dzurinda sa v dňoch od 23. do 25.
apríla 1999 zúčastnil na washingtonskom summite NATO, na ktorom bola
Slovenská republika zaradená na zoznam kandidátskych krajín. O prijatí
SR rozhodol summit Aliancie v Prahe 21. a 22. novembra 2002.
Noví kandidáti vrátane Slovenska sa oficiálne stali členmi
Severoatlantickej aliancie 29. marca 2004. Pri tónoch slovenskej štátnej
hymny vztýčili 2. apríla 2004 približne o 9.50 h na nádvorí pred
bruselským sídlom NATO zástavu Slovenskej republiky.